Nach acht erfolgreichen Jahren verließ Perro Aguayo Jr. 2003 dann die AAA und schloss sich dem Consejo Mundial de Lucha Libre an. Hier fehdete er mit den Hermanos Dinamitas, eine Rivalität, die damit begründet wurde, dass Universo Dos Mil die Karriere von Perro Aguayo Senior beendet hatte. Innerhalb von wenigen Jahren verloren alle Hermanos Dinamita mindestens einmal ihre Haare in Apuestas Matches an Aguayo. Zudem bookte die Liga ihm Gewinne in wichtigen Turnieren zu (dem "Leyenda de Plata" und dem "Gran Alternativa" als Mentor von Misterioso #2).
Prägnantestes Ereignis seiner Zeit beim Consejo war jedoch die Gründung der "Perros del Mal", einer Gruppierung, die die Main Events der Liga über Jahre dominierte. Bis zum Ende seiner Zeit beim Consejo blieb er der Kopf des Stables - und auch darüber hinaus: 2008 verließ er das CMLL und machte die Perros zu einer eigenen Liga. Mit einigen anderen bekannten Namen aus AAA und CMLL veranstatete er (mehr oder weniger) regelmäßig Shows, konnte jedoch nie die erhofften Erfolge erzielen.
2010 kehrte er schließlich zur AAA zurück. Seine dortige Zeit war von einem stetigen Auf und Ab geprägt. Auf der einen Seite standen Titelgewinne, auf der anderen jedoch auch lange Ausfallzeiten, etwa 2011, als ihm ein golfballgroßer Tumor aus dem Magen entfernt werden musste. Viele Beobachter fürchteten hier bereits ein Ende seiner Karriere, er kehrte jedoch wieder zurück.
Am 20. März 2015 bestritt Perro Aguayo Jr. für die Liga The Crash einen Kampf in Tijuana, in dem er an der Seite von Manik gegen Extreme Tiger und Rey Misterio Jr. in den Ring stieg. Nachdem Rey ihn mit einem Headscissors Takedown aus dem Ring befördert hatte, kletterte er zurück und blieb in den Seilen hängen, damit Rey ihm seinen patentierten "619" verpassen konnte. Fortan bewegte er sich nicht mehr. Konnan, der am Ring gestanden hatte, versuchte ihn zu schütteln, doch Perro Aguayo Jr. wachte nicht wieder auf. Er wurde in ein Krankenhaus transportiert, wo jedoch nur noch sein Tod festgestellt werden konnte. Später wurde diagnostiziert, dass Perro aufgrund dreier Wirbelbrüche einen Schlaganfall erlitten hatte, in deren Folge er einen Herzinfarkt bekommen hatte.